Υπάρχουν διάφοροι λόγοι που μπορεί να προκαλούν καθυστέρηση κατά το download ή upload αρχείων μέσω FTP. Παρακάτω σημειώνονται οι πιο συχνοί λόγοι:

- Υπάρχει θέμα στην σύνδεση του χρήστη με τον FTP server, αυτό μπορεί να είναι οτιδήποτε από κακή σύνδεση στο διαδίκτυο από τη μεριά του χρήστη ή υψηλός φόρτος από την μεριά του server.

- Υπάρχουν πολλοί χρήστες συνδεδεμένοι με FTP στον server ταυτοχρόνως.

- Η λειτουργία I/O write (input/output write) στον δίσκο του server είναι πολύ υψηλή.